马铃薯生长中后期的主要病害有晚疫病和软腐病，主要虫害有蚜虫、蓟马及地老虎、蝼蛄、沙蚕等地下害虫。
晚疫病又称薯瘟，是一种毁灭性病害。病菌可侵染叶、茎及薯块。叶片多从叶尖开始发病，病斑黑褐色、水渍状，潮湿时叶斑边缘上生一圈白色霉菌，严重时植株一片焦黑，发出特殊的腐败臭味，后期叶片干枯脱落，全田一片枯黄。茎部受害形成褐色条斑。薯块发病，病斑不规则，紫褐色，病菌可通过风雨传播。
软腐病是一种细菌性病害。发病初期，叶片有黑色斑点，以后发展到茎部，严重时整株枯黄而死亡。病菌侵染块茎时，薯块变软腐烂，发出臭味。
以上两种病害的主要防治措施：一是清理环田沟，清除田间渍水；二是避免偏施氮肥；三是对发病中心的植株要及时拔除，并用药剂防治，每隔7―10天喷药1次。其中晚疫病用硫磺胶悬剂、瑞毒霉锰锌800倍、消菌灵1000倍、代森锌1000倍、露克星500倍、安克1000倍、可杀得2000倍等防治，软腐病可用氧氯化铜800倍、农用链霉素4000倍、特效杀菌王2000倍等防治。
蚜虫和蓟马是马铃薯生产中后期的主要害虫。这两种害虫的特点是吸食叶片和茎的汁液，同时传播病毒，使植株发生花叶病和变黄、矮化，最后枯死。蚜虫和蓟马可用高效大功臣3000倍、康福多6000倍、超力800倍、蓟马威1000倍、七星宝600倍等药剂防治。
地下害虫如蝼蛄、地老虎、金龟子等主要咬断植株的茎、叶，同时也咬伤薯块。沙蚕主要咬食薯块，使薯块出现许多小沙眼，严重影响商品价值。施放毒饵、人工捕捉及施用乐斯本1000倍、辛硫磷1000倍，均有较好的防治效果。
